Los órganos de gobierno de AEGACA son la Asamblea General y la Junta Directiva. 

La Asamblea General, que puede ser ordinaria o extraordinaria,  es el órgano soberano y sus acuerdos, adoptados con arreglo a los Estatutos por los que se rige la Asociación, son obligatorios para todos sus miembros.

La Junta Directiva, elegida en Asamblea General,  es el órgano que gobierna, gestiona y representa a la asociación dentro y fuera de juicio. Está compuesta por un Presidente, cuatro Vicepresidentes, uno de ellos económico que hará las funciones de Tesorero, un Secretario y Vocales.